Kalabrien war das pulsierende und vitale Herz der Magna Graecia. Ab dem 8. Jahrhundert v. Chr. besiedelten Völker vom griechischen Festland die östlichen Küsten Kalabriens und gründeten die ältesten Poleis von Kroton und Sybaris. Diese breiteten sich zu einem Netzwerk von Städten aus, das die Kolonien der Magna Graecia bildete: Hipponion, Kaulonia, Krimisa, Kroton, Lokroi Epizephyrioi, Medma, Methauros, Rhegion, Skylletion, Sybaris, Temesa, Terina.
Von dieser glanzvollen Geschichte zeugen zahlreiche Funde. Die Idee, ein Nationalmuseum mit den Materialien zu schaffen, die bei Ausgrabungskampagnen an den wichtigsten Fundorten Kalabriens ans Licht gebracht wurden, nahm dank des Einsatzes des Archäologen Paolo Orsi konkrete Gestalt an. Ziel war die Vereinigung der städtischen Sammlungen mit den staatlichen. 1954 eröffnete der Denkmalpfleger Alfonso De Franciscis das Museum teilweise für das Publikum. Offiziell eingeweiht wurde es 1959.
Bis zur Erweiterung in den Jahren 1981 und 1982 umfassten die Sammlungen eine prähistorische und protogeschichtliche Abteilung (eröffnet 1962), einen reichen Bestand aus Lokroi, eine bedeutende numismatische Sammlung, ein Lapidarium und eine Pinakothek, die 1969 mit der Zusammenarbeit des Denkmalpflegers Raffaello Causa und des Architekten Aldo Grillo eingeweiht wurde. Gezeigt wurden ausgewählte Funde aus den Kolonien der Magna Graecia am Tyrrhenischen und Ionischen Meer – aus Hipponion-Vibo Valentia, Rosarno-Medma, aus Reggio – während im Saal des Apollon von Cirò Exponate aus verschiedenen Orten Kalabriens zu sehen waren.
1981 entstand die Abteilung für Unterwasserarchäologie, die geschaffen wurde, um die zwei berühmten Bronzestatuen aufzunehmen, die 1972 an der Strandpromenade von Riace entdeckt wurden, zusammen mit der ebenso bekannten „Philosophenkopf“ und dem sogenannten „Basler Kopf“ (benannt nach der Schweizer Stadt, in die er verschleppt und fast dreißig Jahre lang illegal aufbewahrt wurde). Dieses Stück wurde 1969 im Meer der Straße von Messina bei Porticello nahe Villa San Giovanni geborgen. 1982 erhielt das Museum eine weitere Ausstellungseinheit, eingeweiht anlässlich des 100. Jahrestages des Museo Civico und des 50. Jahrestages des Staatlichen Museums. Damit wurde das Panorama der archäologischen Zeugnisse zu den griechischen Kolonien und ihren Subkolonien an den tyrrhenischen und ionischen Küsten des heutigen Kalabrien vervollständigt.
Die Sammlungen des alten Museo Civico bestehen aus ausgewählten Funden aus Reggio oder betreffen die Ethnologie, mittelalterliche und moderne Kunst sowie Erinnerungsstücke des Risorgimento. Von besonderem Interesse ist die numismatische Sammlung, die vom Museo Civico in das Münzkabinett überging, ebenso wie die Pinakothek, die unter anderem zwei Tafeln von Antonello da Messina enthält.