Calabria fue el corazón palpitante y vital de la Magna Grecia. A partir del siglo VIII a. C., pueblos procedentes de la Grecia continental colonizaron las costas orientales de Calabria, fundando las más antiguas polis de Crotón y Sibari, que luego se expandieron en una red de ciudades que constituyeron las colonias de la Magna Grecia: Hiponión, Kaulonia, Krimisa, Kroton, Locri Epizefiri, Medma, Methauros, Rhegion, Skylletion, Sibaris, Temesa, Terina.
De esta ilustre historia se encuentran numerosas testimonianzas. La idea de crear un Museo Nacional con los materiales hallados en las excavaciones de los principales sitios calabreses se concretó gracias al esfuerzo del arqueólogo Paolo Orsi, quien promovió la fusión de las colecciones municipales con las estatales. En 1954, el superintendente Alfonso De Franciscis abrió el Museo parcialmente al público. Fue inaugurado oficialmente en 1959.
Hasta la ampliación de los años 1981 y 1982, las colecciones incluían una Sección Prehistórica y Protohistórica, abierta en 1962, un núcleo locrés muy rico, una importante sección numismática, un Lapidario y una Pinacoteca, inaugurada en 1969 con la colaboración del superintendente Raffaello Causa y el arquitecto Aldo Grillo. Se exhibían selecciones de materiales provenientes de las colonias magno-griegas del Tirreno y del Jónico, de Hiponión-Vibo Valentia, Rosarno-Medma, de Reggio, mientras que en la Sala de Apolo de Cirò se encontraban objetos procedentes de diversas localidades de Calabria.
En 1981 se organizó la sección de arqueología subacuática, dedicada a acoger las dos famosas estatuas de bronce descubiertas en 1972 en el paseo marítimo de Riace, junto con la igualmente famosa «Cabeza del Filósofo» y la denominada «Cabeza de Basilea» (de la ciudad suiza en la que fue robada y permaneció ilegalmente durante casi treinta años), recuperada en el mar del Estrecho de Messina en Porticello, cerca de Villa San Giovanni, en 1969. El Museo fue dotado de una nueva sección expositiva en 1982, inaugurada con ocasión del Centenario del Museo Cívico y del Quincuagésimo Aniversario del Museo Estatal, con la cual se completó el panorama de las presencias arqueológicas relativas a las colonias griegas en relación con las subcolonias en las costas tirrénica y jónica de la actual región calabresa.
Las colecciones del antiguo Museo Cívico consisten en materiales seleccionados procedentes de Reggio o relacionados con la etnología, el arte medieval y moderno, así como con los recuerdos del Risorgimento. De notable interés e importancia es la colección numismática, que pasó del Museo Cívico al Monedero, así como la Pinacoteca, que está rica, entre otras cosas, en dos tablas de Antonello da Messina.